बाबा सिद्दीकी यांच्या पार्थिवावर रविवारी रात्री ८ वाजण्याच्या सुमारास शासकीय इतमामात अंत्यसंस्कार करण्यात आले. बाबा सिद्दीकी यांचे पार्थिव त्यांच्या वांद्रे येथील निवासस्थानातून स्मशानात नेण्यात आले. यावेळी मोठा जनसमुदाय उपस्थित होता. मुस्लिम रितीरिवाजांनुसार बडा कब्रस्तान येथे त्यांच्यावर अंत्यसंस्कार करण्यात आले. यावेळी बॉलिवूड कलाकारांसह राजकीय नेत्यांनी त्यांना अखेरचा निरोप दिला. यावेळी मोठ्या संख्येने नागरिक उपस्थित होते.
मरीन लाईन्स येथील बडा कब्रस्तान येथे त्यांचा शासकीय इतमामात दफनविधी करण्यात आला आहे. बाबा सिद्दीकी यांच्या अंत्यसंस्काराच्या वेळी कडेकोट सुरक्षा व्यवस्था ठेवण्यात आली होती. याआधी त्यांना शासकीय सन्मान देण्यात आला होता. कायदा व सुव्यवस्था राखण्यासाठी केवळ कुटुंबीयांनाच स्मशानभूमीत प्रवेश देण्यात आला. यावेळी पोलीस प्रशासनाने चोख बंदोबस्त ठेवला होता. दरम्यान, उपमुख्यमंत्री अजित पवार व खासदार सुनिल तटकरे, खासदार प्रफुल्ल पटेल देखील दफनविधीला उपस्थित होते.
बाबा सिद्दीकी यांच्याअं त्यदर्शनासाठी सलमान खान, संजय दत्तसह अनेक बॉलिवूड सेलिब्रिटी तसेच राजकीय नेते त्यांच्या निवासस्थानी दाखल झाले होते. जेव्हा सलमान बाबा सिद्दीकी यांचं अत्यंदर्शन घेऊन बाहेर आला तेव्हा त्याचे डोळे पाण्याने डबडबले होते. बाबा सिद्दीकींना अखेरचा निरोप द्यायला जेव्हा सलमान आला त्यावेळी आपला मित्र गमावल्याचं दु:ख त्याच्या चेहऱ्यावर स्पष्ट दिसत होते.
शनिवारी रात्री चार जणांनी बाबा सिद्दीकी यांच्यावर गोळीबार करून त्यांची हत्या केली होती. वांद्रे येथील खेरवाडी सिग्नलजवळ झिशान सिद्दीकी यांच्या ऑफिसजवळ ही घटना घडली होती. तिघांनी बाबा सिद्दीकी यांच्यावर चार ते पाच राऊंड फायर केले. यापैकी १ गोळी बाबा सिद्दीकी यांच्या छातीत घुसली होती. या गोळीनेच त्यांचा घात केली व त्यांचा जीव गेला. या घटनेत त्यांच्या एका सहकाऱ्यांच्या पायालाही गोळी लागलीअसून त्याच्यावर उपचार सुरू आहे.